شیخ کلینى در کتاب کافى به سند خود از امام رضا (ع) روایت کرده است که امام باقر (ع) به هنگام احتضار فرمود: هنگامى که بهدرود حیات گفتم زمین را برایم بشکافید و قبرى مهیا کنید پس اگر به شما گفتند براى رسول خدا (ص) لحد بوده است، تصدیق کنید.
نگارنده: این فرمایش بدان دلیل بوده است که امام باقر (ع) شکافتن زمین را از برخى جهات بهتر مىدانسته اگر چه فضیلت لحد بالاتر بوده است.
کلینى به سند خود از امام صادق (ع) نقل کرده است که فرمود: پدرم هر آنچه از کتب و سلاح و آثار و امانات انبیاء در نزد خود داشت، به من به ودیعتسپرد. پس چون لحظه وفاتش فرارسید به من گفت: چهار شاهد فرابخوان. من چهار تن از قریش را دعوت کردم که یکى از آنان نافع مولاى عبد الله بن عمر بود. پس به من فرمود: «بنویس این چیزى است که یعقوب فرزندانش را بدان وصیت کرد که اى فرزندانم خداوند دین را براى شما برگزید، پس نمیرید مگر آنکه تسلیم رضاى خداوند باشید. »و وصیت کرد محمد بن على به جعفر بن محمد و به وى فرمان مىدهد که او را به جامه بردى که هر جمعه در آن نماز مىخواند کفن کند و عمامهاش را بر سرش بندد و قبر او را چهار گوش و با فاصله چهار انگشت از زمین بلندتر قرار دهد و در موقع دفن بندهاى کفن او را باز کند. سپس به شهود فرمود: بازگردید خداوند شما را رحمت کند!امام صادق (ع) گفت: به پدرم گفتم: اى پدر!در این وصیت چه بود که بر آن شاهد طلب کردى؟فرمود: پسرم!خوش نداشتم پس از من با تو به نزاع برخیزند به این بهانه که به تو وصیت نکردهام و مىخواستم بدین وسیله حجت و دلیلى براى تو قرار داده باشم. در حقیقت امام (ع) مىخواست به این وسیله همگان بدانند که جعفر بن محمد (ع) ، وصى و جانشین و امام بعد از اوست.
کلینى در کافى به سند خود از امام صادق (ع) روایت کرده است که فرمود: پدرم روزى در ایام بیماریش به من گفت: پسرم گروهى از قریشیان ساکن مدینه را بدینجا فراخوان تا آنها را گواه بگیرم. من نیز چنین کردم. پس امام در حضور آنان به من فرمود: اى جعفر هنگامى که من دنیا را وداع گفتم مرا بشوى و کفن کن و قبرم را چهار انگشتبالاتر از زمین قرار ده و بر آن آب بپاش. چون گواهان رفتند به پدرم عرض کردم: اگر مرا (در خلوت هم) به این کارها امر مىکردى، انجام مىدادم. چرا درخواستى تا عدهاى را به عنوان شاهد به نزدت بیاورم؟ فرمود: پسرم مىخواستم با تو نزاع نکنند. (یعنى در امامت و خلافت از پس من با تو نزاع نکنند و بدانند که تو وصى منى) .
کلینى در کافى به سند خود از امام صادق (ع) نقل کرده است که فرمود: پدرم در وصیتش نوشته بود که وى را در سه جامه کفن کنم. یکى رداى جمرهاى او بود که در روز جمعه با آن نماز مىخواند و دو پیراهن دیگر. پس به وى عرض کردم: چرا اینها را مىنویسى؟فرمود: مىترسم مردم با تو از در نزاع وارد شوند و بگویند او را در چهار یا پنج جامه کفن کن اما تو به گفتار آنان راه مرو. عمامه خودم را بر سرم بند و البته عمامه را جزو کفن محسوب مکن بلکه عمامه از چیزهایى است که بدن را به آن مىپوشانند.
شیخ کلینى در کافى به سند خود نقل کرده است که امام باقر (ع) وصیت کرد که هشتصد درهم براى برگزارى مراسم سوگوارى او اختصاص دهند و این کار را از سنت مىدانست. زیرا پیامبر مىفرمود: براى خاندان جعفر طعامى فراهم آرید، آنان نیز به وصیتش عمل کردند.