در دوران امامت حضرت باقر(ع) فرقه هاى مذهبى و گروههاى سیاسى و مذهبى متعددى مانند: معتزله، خوارج و مرجئه فعالیت داشتند و امام باقر-علیه السلام-همچون سدى استوار در برابر نفوذ عقائد باطل آنان ایستادگى مىنمود و طى مناظراتى که با سران این گروهها داشت، پایگاههاى فکرى و عقیدتى آنان را درهم مىکوبید و بىپایگى عقائدشان را با دلائل روشن ثابت مىکرد. در اینجا به عنوان نمونه گفتگوى آن حضرت را با «نافع بن ازرق» ، یکى از سران خوارج، از نظر خوانندگان محترم مىگذرانیم:
روزى «نافع» به حضور امام رسید و مسائلى از حرام و حلال پرسید. امام به سؤالات وى پاسخ داد و ضمن گفتگو فرمود:
به این مارقین (از دین خارج شدگان) بگو: چرا جدایى از امیر مؤمنان-علیه السلام-را حلال شمردید، در صورتى که قبلا خون خویش را در کنار او و در راه اطاعت از او نثار مىکردید و یارى او را موجب نزدیکى به خدا مىدانستید؟ !
امام افزود: آنان خواهند گفت که او در دین خدا حکم قرار داد. به آنان بگو: خداوند در شریعت پیامبر خود در دو مورد دو نفر را حکم قرار داده است;یکى در مورد اختلاف میان زن و شوهر است که مىفرماید:
«و اگر از جدایى و شکاف میان آنها بیم داشته باشید، داورى از خانواده شوهر و داورى از خانواده زن انتخاب کنید (تا به کار آنان رسیدگى کنند) اگر این دو داور تصمیم به اصلاح داشته باشند، خداوند کمک به توافق آنها مىکند (زیرا) خداونددانا و آگاه است» (1) .
دیگرى داورى «سعد بن معاذ» است که پیامبر اسلام او را میان خود و قبیله یهودى «بنى قریظه» حکم قرار داد، و او هم طبق حکم خدا نظر داد. آنگاه امام افزود: آیا نمىدانید که امیر مؤمنان حکمیت را به این شرط پذیرفت که دو داور بر اساس حکم قرآن داورى کنند و از حدود قرآن تجاوز نکنند و شرط کرد که اگر بر خلاف قرآن راى بدهند، مردود خواهد بود؟ وقتى که به امیر مؤمنان گفتند: داورى که خود تعیین کردى بر ضرر تو نظر داد، فرمود: من او را داور قرار ندادم، بلکه کتاب خدا را داور قرار دادم. پس چگونه مارقین حکمیت قرآن و مردود بودن خلاف قرآن را گمراهى مىشمارند، اما بدعت و بهتان خود را گمراهى به حساب نمىآورند؟ !
«نافع بن ازرق» با شنیدن این بیانات گفت: به خدا سوگند این سخنان را نه شنیده بودم و نه به ذهنم خطور کرده بود، حق همین است ان شاء الله!