مرحوم کلینى در کتاب شریف خود به نقل از امام صادق علیه السلام آورده است ، که آن حضرت حکایت نمود:
در آن روزهائى که پدرم حضرت امام محمّد باقر علیه السلام مریض احوال و در بستر بود، روزى مرا به نزد خویش فرا خواند و اظهار داشت :
اى پسرم ! عدّه اى از مردم قریش را دعوت نما تا امروز در این جا گرد هم حضور یابند و من ضمن توصیه هائى ، آن ها را بر مطالبى شاهد و گواه قرار دهم .
بنابر این ، طبق دستور پدرم ، چند نفر از قریش را دعوت کردم و ایشان را به منزل آوردم ، همین که همگى به محضر پدرم آمده و در کنار بسترش گرد آمدیم ، به من خطاب نمود و فرمود:
اى جعفر! هنگامى که من وفات یافتم و از این دنیا رحلت کردم ، خودت مرا غسل مى دهى و کفن مى کنى و سپس بر من نماز مى خوانى .
و پس از آن که مرا به خاک سپردى ، قبر مرا بیش از چهار انگشت (حدود 10 سانتیمتر) از زمین بلندتر مگردان ؛ و در پایان نیز مقدارى آب روى خاکهاى قبرم بپاش .
حضرت صادق آل محمّد علیهم السلام افزود: چون وصایا و سفارشات پدرم پایان یافت و جمعیّت از منزل خارج شدند، به پدرم گفتم : اى پدرجان ! نیازى به حضور این افراد نبود و چنانچه مرا به تنهائى وصیّت مى فرمودى به آن عمل مى کردم .
پدرم در پاسخ اظهار نمود: خواستم آن افراد را شاهد و گواه قرار دهم تا بعد از من درباره امامت تو منازعه و مشاجره اى نداشته باشند.
همچنین آن حضرت حکایت فرماید:
پدرم حضرت باقرالعلوم علیه السلام به من وصیّت نمود تا جسد مطهّرش را در سه نوع پارچه بپوشانم و کفن کنم ، یکى از آن ها، رداء و پارچه اى بود که پدرم روزهاى جمعه آن را روى دوش خود مى انداخت و در آن نماز مى خواند؛ و امّا دو پارچه دیگرى را پدرم آنها را معرّفى نمود.
و نیز حکایت فرماید:
در آن شب آخرى که پدرم سلام اللّه علیه ، به شهادت رسید و به درجات أ على علّیین عروج نمود، لحظاتى قبل از رحلتش نزدیک وى رفتم ، دیدم مشغول مناجات و راز و نیاز به درگاه خداوند متعال مى باشد؛ و چون مناجات و زمزمه اش پایان یافت به من فرمود:
اى فرزندم ! امشب وعده الهى فرا مى رسد و من لحظاتى دیگر به سوى او خواهم رفت ، و امشب همان شبى است که جدّم ، رسول خدا صلى الله علیه و آله رحلت نمود.
مرحوم إ ربلى و ابن شهرآشوب و دیگر بزرگان و مورّخین گفته اند:
امام محمّد باقر علیه السلام در اثر زهر و سمّى که ابراهیم بن ولید به دستور هشام بن عبدالملک ملعون به آن حضرت خورانیده بود، به شهادت رسید.
و پس از انجام غسل و کفن و اقامه نماز بر جنازه مطهّرش ، توسّط فرزندش امام جعفر صادق علیه السلام ، در قبرستان بقیع ، در جوار مرقد شریف عمویش ، امام حسن مجتبى و پدرش ، امام زین العابدین علیهماالسلام ، به خاک سپرده شد.
